El origen de la aldea de El Fontanar hay que buscarlo en un cortijo del mismo nombre en el término municipal de Santaella, propiedad entonces de la viuda Dª. Rafaela Suárez Varela.

Sobre su nombre se barajan dos hipótesis: para unos la aldea debe el nombre a que su enclave está cerca de una fuente o manantial, otros lo atribuyen a que el cortijo y otra serie de fincas de nombre similar pertenecían al Marqués de Fuentes.

La aldea se colonizó en el año 1.920-1.921 con motivo del aparcelamiento del cortijo. A los primitivos colonos se sumaron otros de procedencia granadina, sobre todo de la parte de Loja y Algarinejo, que en su mayoría son los descendientes de los actuales habitantes de El Fontanar. Las buenas condiciones de compra de las tierras que se repartieron hicieron que progresivamente se fuesen concentrando más familias procedentes de Iznájar, Rute, La Rambla, Montalbán, asentándose en casillas colindantes al cortijo. La población aproximada era de 350 habitantes.

Estos colonos que vivían en casillas diseminadas se fueron agrupando dando lugar al actual núcleo urbano. Paulatinamente se fueron atendiendo las necesidades básicas de la población y se fueron incorporando los servicios de luz, canalización del agua hasta los hogares, alcantarillado, servicio de basura, mejora de las comunicaciones.

En 1955 gracias a la colaboración del Ayuntamiento, la Diputación y los propios vecinos del pueblo se hizo posible la creación de una escuela que constaba de dos aulas: una para niños y otra para niñas. El descenso de la natalidad unido a la emigración de algunas familias redujo considerablemente el número de niños en edad escolar, lo que supuso el cierre de la escuela a mediados de los 70.

A principios de los 80 se vuelve a abrir, siendo ya una escuela mixta. En 1986 las viejas escuelas son derribadas y se construye la que actualmente hay: un aula que acoge tanto a los alumnos de Educación Infantil como a los del primer curso de Primaria.

Cabe destacar la Feria en honor a la Patrona la Virgen de los Desamparados, es la fiesta más importante del Fontanar, que se celebra el último fin de semana de mayo coincidiendo con la Primera Comunión de los niños y niñas de la aldea. Además de la celebración de juegos, competiciones deportivas, misa en honor de la Virgen… uno de los actos más característicos y participativos es la subasta de las ofrendas recibidas por la Virgen para recaudar fondos.